Saison 1
 

     La première saison contient vingt-deux épisodes et a commencé le 29 août 2005 aux États-Unis et au Canada. En France elle a démarré le 31 août 2006. Cette saison a été principalement filmée dans la prison de Joliet ce qui contribue à l'originalité du feuilleton.

     Lincoln Burrows (Dominic Purcell) est accusé du meurtre de Terrence Steadman, qui est le frère de la vice-présidente des États-Unis. Les preuves étant accablantes, il est déclaré coupable de meurtre au premier degré (avec préméditation) et condamné à mort. Puis, il est transféré vers la prison de Fox River pour attendre son exécution. Le frère de Lincoln, Michael Scofield (Wentworth Miller), est convaincu de son innocence et conçoit un ingénieux plan d'évasion. Après avoir lui-même provoqué son incarcération à Fox River, c'est une course contre la montre qui s'engage pour Michael, qui doit affronter de nombreux obstacles et établir de bons rapports avec les détenus et le personnel de la prison pour réussir à s'évader avec son frère. Les deux héros sont aidés par Veronica Donovan (Robin Tunney), l'avocate et ex-petite amie de Lincoln, qui commence à enquêter sur la conspiration qui a envoyé Lincoln en prison. Cependant, les investigations de Veronica sont constamment contrecarrées par des agents des services secrets, qui travaillent pour le compte d'une organisation dénommée "Le Cartel".